Cuando Masumi Sera atosiga a Ai Haibara, Subaru Okiya interviene. Mientras tanto, Conan descubre la identidad de Mary, la "hermana pequeña fuera del dominio". Shukichi Haneda se ve envuelto por casualidad en un caso de asesinato cuando asiste a un seminario de shogi. Tras varias peripecias, Shuichi Akai hace acto de presencia. Y, por si fuera poco, un ardid de Momiji Ooka enfrenta a Conan y Heiji en un duelo deductivo en torno a un código ideado por un ama de llaves.