El día que Taiju Oki, un adolescente fuerte pero algo palurdo, se decide por no declararle su amora Yuzuriha, sucede algo radical e inesperado: justo un segundo antes de la declaración, causas desconocidas llevan al total de la humanidad a convertirse instantáneamente en piedra. Después de 3.689 años y 158 días, durante los que ha luchado por no perder la consciencia y desaparecer, Taiju nalmente emerge de la piedra y vuelve a la normalidad. Aunque sólo para descubrir que el resto de la humanidad jamás despertó de su sueño pétreo. Luego se entera de que su amigo Senku, un genio absoluto de vocación científica y mentalidad mucho más pragmática, también ha sobrevivido, y juntos encuentran una fórmula para volver a la vida a muchas de las estatuas que nose han partido en pedazos con el paso de los siglos. Llegados a este punto se marcan como objetivo reconstruir la civilización desde sus cimientos y tratar de alcanzar el mismo desarrollo tecnológico que había antes de la catástrofe de origen desconocido.