A citologia cromossômica tem sido mais amplamente utilizada por citogenética animal do que por biólogo molecular. O cariótipo de cada espécie individual é caracterizado pelo número de cromossomas, tamanho e morfologia e é fixo e específico para cada espécie. O número e a forma da bandagem cromossômica pode ser determinada através de várias técnicas de dissecação e coloração. A taxonomia cromossômica pode ser bastante útil tanto na determinação das relações filogenéticas dos táxons como na detecção da variação estrutural das espécies crípticas. O estudo inclui o mapeamento físico dos cromossomas especialmente no mapeamento comparativo dos cromossomas com variações mínimas entre os indivíduos. Os números de cromossomos diplóides específicos das espécies (2n) são determinados principalmente usando a mitose espalhada e a posição do centrômero e tem um papel importante na caracterização taxonômica do indivíduo. Métodos de coloração recentes são os potenciais marcadores para sondar o padrão específico de bandas ao longo do comprimento de um cromossoma e, consequentemente, pode ser útil para a visualização directa de segmentos específicos de cromossomas em núcleos interfásicos.