O objetivo do estudo foi avaliar a presença de fungos e micotoxinas (aflatoxinas [AF] e ácido ciclopiazônico [ACP]) em castanhas-do-brasil coletadas a campo e no armazenamento, bem como a micobiota do solo e ar nas coletas iniciais. As amostras procederam de Itacoatiara, AM, Brasil, e foram coletadas a campo em quatro períodos: Dia 0; amostras na árvore, Dias 5, 10 e 15; amostras em contato natural com solo 5, 10 e 15 dias, respectivamente. As amostras armazenadas, após secagem, foram analisadas mensalmente por 11 meses. Nas amostras coletadas a campo, os fungos mais prevalentes foram: A. flavus em ouriços e amêndoas; Fusarium spp. em cascas. No solo foram isolados Penicillium spp. e Aspergillus flavus e no ar, Fusarium spp. e Penicillium spp. No armazenamento, em amêndoas, foi observado maior contaminação por A. flavus, Fusarium spp. e A. nomius; e em cascas, a predominância foi de Fusarium spp. e A. flavus. AF e ACP não foram detectados nas amostras analisadas. Dentre as cepas de A. flavus isoladas 57,9% (278/480) foram aflatoxigênicas, bem como todas as cepas de A. nomius e A. parasiticus. Os níveis de Se foram entre 30,64 e 139,35 µg/g.