Las aportaciones de Lynn Margulis a la biología son de una importancia incuestionable. Sus ideas acerca del papel de la simbiosis en el origen de las células nucleadas han sido demostradas casi en su totalidad. Por eso se puede decir que Margulis ha removido las de por sí ya agitadas aguas de las explicaciones científicas del origen y evolución de la vida. Además, ha colaborado con numerosos científicos e intelectuales en otros ámbitos del conocimiento: así, por ejemplo, con James Lovelock contribuyó al desarrollo de la hipótesis Gaia y con Dorion Sagan ha publicado numerosos libros y artículos de divulgación científica y reflexión filosófica sobre la evolución biológica y el funcionamiento de un planeta vivo.